AKQUINET und die Medizinische Universität Graz schaffen Grundlagen für die Digitale Pathologie

21.10.2021

AKQUINET und die Medizinische Universität Graz schaffen Grundlagen für die Digitale Pathologie

Datamover NODEUM® aus dem Modulset von centralONE schafft sicheren Datentransfer

Graz (Österreich)/Hamburg (Deutschland). AKQUINET und die Medizinische Universität Graz schaffen erste technische und organisatorische Grundlagen für die Digitale Pathologie und optimieren Datenhaltung, Datenanreicherung und Datentransfer durch den Einsatz von hochleistungsfähigen GPU-basierten Servern für den Einsatz spezieller pathologischer AI-Algorithmen, AllFlash-Storagesystemen und des multifunktionalen Datamovers aus dem Modulset von centralONE.

Die Med. Uni Graz, das AI-Forschungsteam um Dr. Heimo Müller, hat in enger, langjähriger Zusammenarbeit mit AKQUINET und MT-C infrastrukturelle Grundlagen für die Digitalisierung in der Pathologie geschaffen, die sowohl die Datenanreicherung als auch den Datentransfer aktiv unterstützen und die Datenhaltung und Langzeitarchivierung sicherstellen.

Ziel war es, die von Hochleistungsscannern erzeugten Daten qualitätszusichern, mit zusätzlichen Informationen (Tags) anzureichern und den Datentransfer objektorientiert durchzuführen und zu optimieren.

Projektziel ist es weiterhin ein zentrales Archiv mit digitalisierten pathologischen Daten aufzubauen, um künftig mit KI und AI Mechanismen große historische Datenbestände zu analysieren und national und international Vergleiche anstellen zu können. Die so gewonnenen Informationen helfen auf der einen Seite dem Pathologen in der Diagnostik, auf der anderen Seite kann die Pharmaforschung so zielorientiert forschen und Medikamente und Behandlungsmethoden ´auf den Punkt´ genau entwickeln.

Das sagt der Kunde
„Wir erachten es als wichtig, neben der optimierten Datenstruktur innerhalb und zwischen unseren heterogenen Systemlandschaften im Rahmen unserer Forschungsprojekte auch den Austausch mit europäischen Forschungspartnern zu forcieren.
Vom Einsatz des komfortablen und technisch ausgereiften Datamovers NODEUM® erwarten wir Effizienz und Datensicherheit durch die individuelle Verknüpfung unserer Datenquellen auch über APIs unter Berücksichtigung aller Rollen- und Berechtigungsmodelle.“

Dr. Heimo Müller, Leiter der Forschungsgruppe, Large Scale Slide Digitalisation for Machine Learning in Computational Pathology

„Die Zusammenarbeit im Projekt stellt sich als sehr kooperativ dar. AKQUINET involviert die Hersteller in jeder Phase des Projektes von Anfang an. Damit wird die Projektlaufzeit ständig optimiert und die Reibungsverluste werden so gering wie möglich gehalten. Wir beginnen jetzt nach den abgeschlossenen komplexen Tests der Hard- und Softwarefunktionalitäten mit der Produktion und der individuellen Anpassung/Erweiterung der Anwendung insbesondere auch an neue Forschungsprojekte.“

Robert Reihs, Projektleiter bei der Einführung von NODEUM®

 

Die Medizinische Universität Graz
An der Medizinischen Universität Graz forschen, lehren und lernen über 2.500 Mitarbeiter*innen im wissenschaftlichen und nichtwissenschaftlichen Bereich sowie rund 4.350 Studierende gemeinsam mit Innovationsgeist für Gesundheit und Wohlbefinden der Patient*innen. Die Med Uni Graz bildet ein Zentrum der innovativen Spitzenmedizin im Süden Österreichs und ist gleichzeitig attraktiver Lebensraum bzw. Arbeitsplatz für Mitarbeiter*innen sowie Studierende und wesentlicher Teil der Betreuung von Patient*innen am Standort.

Am Diagnostik- & Forschungszentrum für Molekulare BioMedizin bündeln vier Lehrstühle ihre Kompetenzen in den Bereichen Forschung und Studium.
• Diagnostik- & Forschungsinstitut für Pathologie
• Diagnostik- & Forschungsinstitut für Humangenetik
• Diagnostik- & Forschungsinstitut für Hygiene, Mikrobiologie und Umweltmedizin
• Diagnostik- & Forschungsinstitut für Gerichtliche Medizin


Forschung
In der Forschung beschäftigen sich die Mitarbeiter*innen des Institutes in 14 Forschungsteams mit klinischen Krankheitsbildern. Zentrales Thema ist die Erforschung der Ursachen, des Wesens und der Folgen von Krankheiten in engem Kontakt mit der klinischen Medizin unter Einsatz morphologischer und molekularbiologischer Methoden. Neben diesem Hauptthema wurden weiters die Forschungsschwerpunkte Mikrobiom sowie Hochrisikopathogene etabliert. Bedeutend bei unseren Forschungsteams ist ihre direkte Einbettung und Vernetzung in die Themenfelder des Forschungszentrums.

Forschungsteam Dr. Müller
Forschungsschwerpunkt ´Information Science and Machine Learning´
Teamleiter: Dr. Heimo Müller
Fokus: Der Fokus unserer Forschungsgruppe liegt in der Aufbereitung und Analyse von Daten, die im wissenschaftlichen und/oder diagnostischen Prozess entstehen (Fokus: Pathologie). Hierbei werden einerseits Werkzeuge entwickelt, die es ermöglichen, Daten nach den FAIR-Prinzipien zu verarbeiten und andererseits bestehende Algorithmen (künstliche Intelligenz) analysiert und ihre Erklärbarkeit inkl. der Schnittstelle Mensch-Maschine dargestellt und weiterentwickelt (in Zusammenarbeit mit Prof. Andreas Holzinger). Ebenso werden im Zuge der Digitalisierung Archivproben der Biobank aufbereitet und in digitalen Katalogen bereitgestellt (in Zusammenarbeit mit Prof. Kurt Zatloukal).
Vernetzung: Wir kooperieren mit dem Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Dokumentation, Medizinische Universität Graz sowie mit BBMRI-ERIC, BIOBANKS AND BIOMOLECULAR RESOURCES RESEARCH INFRASTRUCTURE CONSORTIUM


Die akquinet AG
AKQUINET ist ein unabhängiges und eigentümergeführtes IT-Unternehmen im deutschsprachigen Raum. Vertrauensvoll in der Zusammenarbeit, flexibel im Handeln, menschlich im Miteinander, sozial in der Verantwortung. Zusammen mit unseren Kunden entwickeln wir langfristig erfolgreiche IT-Lösungen zu herausfordernden Themen ausgewählter Marktsegmente. Wir überzeugen unsere Kunden durch die Qualität unserer Lösungen, Produkte und Beratungen. Ob Standardsoftware (SAP, Microsoft, NODEUM) oder Individualentwicklung, wir setzen die Technologien ein, die für unsere Kunden zielführend sind. Branchenlösungen (Healthcare, IoT, F&E) und eigene Produkte (centralONE) runden unser Portfolio ab. In unseren vier leistungsstarken, zertifizierten Rechenzentren bieten wir Ihnen IT-Outsourcing und Cloud-Services. Wir führen unsere Rechenzentren als Integrationsbetriebe; dieses Konzept ist deutschlandweit einmalig.

centralONE: Cloudfunktionalität on premise oder hybrid
centralONE ist eine objektorientierte Speicherinfrastruktur (Objektspeicher), die zur Langzeitarchivierung versehen mit einem technologischen Formatwechsel (LTO-T im LTFS-Format) in die Lage versetzt wurde, strukturierte und unstrukturierte Massendaten zu verwalten. Der Modulare Aufbau der Lösung beinhaltet Werkzeuge zum Transfer (Datamover), zur Strukturierung (VNA), zum Betrachten (Multifunktionsviewer) und zur Analyse (KI/AI Komponenten).

centralONE bietet Cloudfunktionalitäten on premise, schafft Konsolidierung und Kontextbezug für Ihre Daten und dient als Informationsquelle zur weiteren Verarbeitung und Analyse. Workflows werden unterstützt und die direkte Interaktion mit gespeicherten Daten und zusätzlich gewonnenen Informationen zugelassen. centralONE verfügt zudem über intelligente Schnittstellen (REST API) und diverse Konnektoren.

Wir schützen unsere Lösung mit innovativen Security-Werkzeugen!
Nutzen Sie die Objekt-Speicherstrukturen auch zur Konsolidierung und sicheren Aufbewahrung ihrer Backupkopien. Schützen Sie ihr Backup vor schadhaften Zugriffen (z.B. Ransomware).

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